SEOに有効なレイアウトは、L字型といわれるレイアウトパターンが効果的です。
多くのサイトがこのレイアウトパターンにしているのも納得がいきます。
画像では2カラムですが3カラムもSEOには有効です。
HTMLソースを検索エンジンが読み込む場合、画像の場合だとHEADER→LEFT→RIGHT→FOOTERの順番で読み込んでいくこととなります。
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レイアウトはテーブルを使って作ることもできますが、フルCSSでのレイアウトが望ましいです。
テーブルレイアウトの場合、ソース構造が複雑となり管理面でも利便性が悪いことと、
ソースが重くなってしまう事にもなります。ソースは軽い方がインデックスされやすいので、
レイアウトを組む場合はCSSで構築することをオススメします。